Збудники кишкових інфекцій (Shigella, ЕIEC, Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Astrovirus, Norovirus G2), ПЛР-тест

ПОКАЗАННЯ ДЛЯ ПРИЗНАЧЕННЯ

1. Клінічні прояви кишкової інфекції (діарея, блювання, біль у животі та спазми, загальна слабкість і погане самопочуття, підвищення температури тіла).
2. Контакт із хворим на кишкову інфекцію, перебування у вогнищі розповсюдження інфекції.

КЛІНІЧНЕ ЗНАЧЕННЯ, ДІАГНОСТИЧНІ ОСОБЛИВОСТІ

Гостра інфекційна діарея – це захворювання, викликане інфекційним агентом, головним симптомом якого є діарея (наявність ≥3/добу рідких [6-7 тип за Бристольською шкалою форми калу) випорожнень або збільшеного об’єму рідких чи напіврідких випорожнень [>200 мл/добу]) тривалістю ≤14 днів. Інфекційна діарея є другою за частотою (після захворювань серцево-судинної системи) причиною захворювань і смертей у світі. Частіше виникає у країнах, що розвиваються.

Етіологічні фактори:

1. віруси – ротавіруси (групи А, В, С), каліцивіруси (норовіруси, саповіруси), астровіруси, аденовіруси;
2. бактерії – найчастіше Salmonella spp., Campylobacter spp., патогенні Escherichia coli, Clostridium difficile, Yersinia spp., рідко Shigella spp.
3. паразити (рідко) – Giardia duodenalis, Cryptosporidium, мікроспоридії. Інфікування відбувається аліментарним (фекально-оральним) шляхом, найчастіше через забруднені руки, інфіковану їжу або воду, а джерелом інфекції зазвичай є хворі або безсимптомні носії.

Вірусні гастроентерити – інфекційно-запальні захворювання шлунка та тонкої кишки (при одночасному ураженні товстої кишки – гастроентероколіт), викликані вірусами, які проявляють тропність до слизової оболонки шлунково-кишкового тракту. Характеризуються переважно гострим перебігом, рідше – хронічним. Клінічно проявляються діареєю, блюванням, болем і спазмами у животі, загальною слабкістю та поганим самопочуттям. Можуть супроводжуватися підвищенням температури. Особливу небезпеку становлять для ослаблених осіб і дітей молодшого віку. Мають високу епідеміологічну небезпеку. Можуть перебігати у вигляді спалахів (особливо у колективах і групах). Найчастіше причинами вірусних гастроентеритів є норовірус і ротавірус. Більшість інших вірусних гастроентеритів спричинена астровірусом або кишковим аденовірусом. Віруси інфікують ворсинчастий епітелій тонкої кишки. У результаті відбувається транссудація рідини та електролітів у просвіт кишечника; іноді вуглеводи, неабсорбовані внаслідок мальабсорбції в ураженому кишечнику, згодом погіршують симптоми, викликаючи осмотичну діарею. Діарея носить характер водянистої. Запальна діарея (дизентерія) з наявністю лейкоцитів та еритроцитів у калі не характерна. У пацієнтів з імунодефіцитом гастроентерит можуть викликати й інші віруси (зокрема цитомегаловірус, ентеровірус тощо).

Бактеріальні гастроентерити – інфекційно-запальні захворювання шлунка та тонкої кишки (при одночасному ураженні товстої кишки – гастроентероколіт), викликані бактеріями або бактеріальними екзотоксинами. Бактеріальна кишкова інфекція може розвиватися різними механізмами: активна адгезія до слизової оболонки кишківника (без інвазії та вироблення енетротоксинів (Vibrio cholerae, ентеротоксигенних штамів Escherichia coli)); інвазія у слизову оболонку кишківника (Shigella, Salmonella, Campylobacter, Clostridium difficile, ентероінвазивні штами Escherichia coli); продукція екзотоксинів, які контамінують харчові продукти (Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Clostridium perfringens).

Збудники, що мають найбільше значення у розвитку інфекційних гастроентеритів:

1. Шигели (Shigella spp.) – грамнегативні бактерії із сімейства Enterobacteriaceae. Рід Shigella включає 4 основні серогрупи: A (S. dysenteriae), B (S. flexneri), C (S. boydii), D (S. sonnei) – збудники бактеріальної дизентерії. Розповсюджені по всьому світу. Джерело інфекції – екскременти заражених людей. Люди – єдиний природній резервуар Shigella. Поширення відбувається фекально-оральним шляхом (через контаміновану їжу та предмети). Мухи – активні переносники інфекції. Інкубаційний період становить 1-4 дні. Найбільш поширений прояв – діарея, що не відрізняється від інших бактеріальних, вірусних і протозойних інфекцій, які впливають на секреторну діяльність епітеліальних клітин кишечника. Може бути лихоманка. У дорослих пацієнтів початковими симптомами дизентерії можуть бути приступи абдомінального болю, невідкладна потреба у дефекації (тенезми), відходження сформованих фекалій, що тимчасово знімає біль. Ці епізоди повторюються зі збільшенням тяжкості та частоти. Діарея стає явною, кал містить слиз, гній, часто кров. Можливе випадіння слизової оболонки прямої кишки, нетримання калу. У важких випадках хвороба починається з раптової діареї (кал нагадує рисовий відвар, іноді з кров'ю), блювання. Швидко настає зневоднення. Можливі марення, судоми та кома. Смерть може настати протягом 12-24 годин. Слід зазначити, що у дорослих захворювання може перебігати з мінімальними проявами. Хвороба зазвичай проходить спонтанно: легка форма – за 4-8 днів, важка форма – за 3-6 тижнів. Значне зневоднення та втрата електролітів з порушенням кровообігу та смертю спостерігаються здебільшого у дорослих з імунодефіцитом і дітей менше 2 років. Ускладнення: гемолітико-уремічний синдром, бактеріємія, анемія (за рахунок виразок слизової оболонки кишківника), реактивний артрит. Інші ускладнення нехарактерні, але можуть проявлятися судомами у дітей, міокардитом і кишковою перфорацією (рідко). Інфекція не стає хронічною та не є етіологічним фактором при виразковому коліті. Лікування інфекції легкого ступеня тяжкості є підтримуючим, переважно шляхом регідратації; антибіотики (наприклад, ципрофлоксацин, азитроміцин, цефтріаксон) використовуються при перебігу хвороби від помірного до тяжкого та у пацієнтів високого ризику з геморагічною діареєю або імунодефіцитом і можуть скоротити тривалість хвороби та зменшити контагіозність.

2. Ентероінвазивна кишкова паличка (EIEC, Enteroinvasive Escherichia coli) – грамнегативні бактерії із сімейства Enterobacteriaceae. Найбільш численна група аеробних (факультативно-анаеробних) бактерій, що колонізують товстий кишківник (резидентна мікрофлора товстого кишечника). Деякі штами викликають діарею; проникаючи у стерильні ділянки, усі штами призводять до розвитку активної інфекції. E. coli заселяють шлунково-кишковий тракт у нормі, однак деякі штами отримали гени, які дозволяють їм викликати кишкову інфекцію (діареєгенні ешерихії). При колонізації шлунково-кишкового тракту людини такі штами можуть викликати діарею. За механізмом розвитку кишкових інфекцій усі патогенні кишкові палички розділені на 4 групи:

• ентерогеморагічні (включаючи серотип O157:H7 та інші) – продукують кілька цитотоксинів, нейротоксинів та ентеротоксинів, включаючи шигатоксин (веротоксин), та викликають криваву діарею; у 2-7% випадків розвивається гемолітико-уремічний синдром;
• ентеротоксикогенні – штами, що можуть викликати водянисту діарею, особливо у немовлят і мандрівників (діарея мандрівників);
• ентероінвазивні – штами, які можуть викликати запальну діарею;
• ентеропатогенні – штами, які можуть викликати водянисту діарею, особливо у немовлят.

Ентероінвазивна кишкова паличка (ЕІКП, EIEC) – патогенний штам кишкової палички, який здатен проникати в клітини кишкового епітелію, викликаючи запалення та руйнування тканин. Характеризується гострим початком з підвищенням температури тіла (до 37.5-38°C), загальною слабкістю та нездужанням, болями у животі, діареєю (водянистою з домішками слизу та крові), блюванням (іноді), здуттям живота тощо. Зазвичай перебіг захворювання легкий, нормалізація випорожнень відбувається протягом 2-3 днів. У разі тяжкого перебігу – необхідна госпіталізація та симптоматичне лікування (регідратація, сорбенти, антибіотики за показаннями).

3. Сальмонели (Salmonella spp.) – грамнегативні бактерії із сімейства Enterobacteriaceae. Рід бактерій, що включає два види S. enterica та S. bongori, які розділені більш ніж на 2500 відомих серотипів. Деякі з цих серотипів мають власну назву. У таких випадках поширене використання іноді скорочує наукову назву, щоб включити тільки рід і серотип: наприклад, S. enterica, підвид enterica, серотип Typhi скорочується до Salmonella Typhi.

Сальмонели поділяються на 3 групи залежно від того, наскільки добре мікроорганізм адаптується до людського хазяїна:

• високоадаптовані до людини та не мають інших хазяїв, окрім людини (S. Typhi, S. Paratyphi типів A, B) – є патогенними лише у людей і зазвичай викликають кишкову (тифоїдну) гарячку;
• мають широкий діапазон хазяїв (нетифоїдні штами) – більше 2000 серотипів (наприклад, S. Enteritidis, S. Typhimurium), які викликають сальмонельозний гастроентерит і на частку яких припадає 85-90% усіх сальмонельозних інфекцій (сальмонельозів);
• викликають захворювання майже виключно у тварин з теоретично можливим інфікуванням людей.

Нетифоїдні сальмонели здебільшого викликають гастроентерит, кишкову гарячку та вогнищеві інфекції. Іноді виникає бактеріємія. Мають широке поширення. Захворювання в людини виникає внаслідок прямого та непрямого контакту з численними видами інфікованих тварин, продуктами харчування, отриманими з них, та їхніми екскретами. Забруднене м’ясо, птиця, непастеризоване молоко, яйця, яєчні продукти та вода є поширеними джерелами Salmonella. До інших джерел належать інфіковані домашні черепашки та інші хатні тварини. Гастроентерит зазвичай починається через 12-48 годин після проковтування мікроорганізмів нудотою та спастичним болем у животі з подальшою діареєю, гарячкою та іноді блюванням. Зазвичай кал водянистий, але може бути пастоподібним напівтвердим. У рідкісних випадках присутні слиз або кров. Захворювання зазвичай є легким і триває від 1 до 4 днів. Іноді виникає тяжче, триваліше захворювання. Приблизно у 10-30% дорослих через декілька тижнів або місяців після припинення діареї розвивається реактивний артрит. При неускладненому гастроентериті антибіотики не є необхідними; вони не пришвидшують одужання та можуть подовжувати виділення збудника з організму. Пацієнтів із групи високого ризику (осіб похилого віку, немовлят, пацієнтів з гемоглобінопатією, ВІЛ-інфекцією або іншими імунодефіцитними станами) лікують антибіотиками, такими як ципрофлоксацин, азитроміцин, цефтріаксон або триметоприм-сульфаметоксазол. Можуть виникати стани безсимптомного носійства, але носії не відіграють великої ролі у спалахах, тому лікування антибіотиками показане рідко. Для підтвердження елімінації Salmonella через декілька тижнів після призначення антибіотика слід виконати контрольні дослідження.

4. Кампілобактери (Campylobacter spp.) – рухливі, мікроаерофільні, грамнегативні бактерії, які зазвичай живуть у шлунково-кишковому тракті багатьох свійських тварин і сов. Декілька видів є патогенними для людини (C. jejuni, C. coli та C. fetus). Викликають кампілобактеріоз. Найбільш частим проявом кампілобактеріозу є гостре шлунково-кишкове захворювання, яке характеризується водянистою, а іноді й кривавою діареєю. Гарячка (38-40°C) є єдиною постійною ознакою системного кампілобактеріозу, хоча часто виникають також біль у животі (зазвичай у правому нижньому квадранті, який може імітувати апендицит), головний біль і міалгія. У пацієнтів може виникати підгострий бактеріальний ендокардит (частіше через C. fetus), реактивний артрит, менінгіт або гарячка невідомого походження. Ураження суглобів зазвичай є моноартикулярним (коліна). Симптоми зникають спонтанно протягом від 1 тижня до кількох місяців. Можливі такі ускладнення, як синдром Гієна-Барре, увеїт, гемолітична анемія, гемолітико-уремічний синдром, міоперикардит, імунопроліферативне захворювання тонкого кишечника, септичний аборт, енцефалопатія. Лікування за необхідності включає азитроміцин.

5. Ротавірус (Rotavirus А) – РНК-вірус із родини Reoviridae. Описано дев'ять видів цього роду Rotavirus, які іменуються латинськими літерами від A до I. Ротавіруси A, B та C є збудниками ротавірусної інфекції людини; 90% випадків захворювання припадає на Rotavirus A. Є найпоширенішим збудником, який спричиняє гострий вірусний гастроентерит людини (60-73% випадків), особливо у дітей молодшого віку. Викликає важку водянисту діарею, блювання, лихоманку та біль у животі. Симптоми зазвичай тривають 3-8 днів. У дітей може призводити до зневоднення та гіпоглікемії, які потребують медичного втручання. Є основною причиною госпіталізацій дітей із діареєю у всьому світі. Без лікування більшість випадків у здорових дітей проходить самостійно, але важкі форми потребують регідратації. Висококонтагіозний, легко поширюється у дитячих колективах, лікарнях. Дуже стійкий у зовнішньому середовищі. Найчастіше зустрічається в холодну пору року (осінь-зима в помірному кліматі). До впровадження вакцинації викликав значну захворюваність і смертність, особливо в країнах, що розвиваються. Ефективна вакцинація (наприклад, RotaTeq, Rotarix) значно знижує захворюваність.

6. Норовірус (Norovirus GII) – РНК-вірус із родини Caliciviridae. За частотою випадків гастроентеритів займає друге місце (14-17% випадків). Описані різні варіанти збудника. Гастроентерити пов’язані насамперед з генотипом 1 (GI). Є потенційно пандемічним вірусом, який спричиняє сильне запальне ураження травного тракту. Характерна сезонність (в помірному кліматі – осінь-зима). Має високу стійкість до зовнішніх факторів і легко передається від однієї людини до іншої. Інфікування може призвести до сильної діареї (основний симптом), блювоти, лихоманки (для дітей до 1 року – нехарактерна ознака), виникнення болю в животі. Характерне запалення тонкого кишечника з розвитком ферментної недостатності (зокрема вторинної лактазної недостатності). Інкубаційний період – 12-24 години (рідше 48). Частіше має гострий і короткочасний перебіг із проявами, що зникають протягом кількох днів (на 2-гу/3-тю, рідше – 5-ту добу), однак у деяких випадках можуть виникати ускладнення, особливо у людей зі зниженою імунологічною реактивністю.

7. Аденовірус (серотипи 40 і 41, Adenovirus F) – ДНК-вірус із родини Adenoviridae. Відомо понад 90 типів аденовірусів, які викликають респіраторні, очні, гастроінтестинальні інфекції людини та тварин. Найпоширенішими серотипами є 3, 4, 7, 14, 21, які спричинюють гострі респіраторні розлади. Типи 40, 41, 52 спричинюють гастроентерити. Аденовіруси займають 4 місце серед причин вірусного гастроентериту у дітей. Випадки реєструються цілий рік, дещо частіше – влітку. Частіше вражають дітей (розповсюджена причина спалахів гастроентеритів у дитячих колективах), хоча не виключене інфікування дорослих. Передача відбувається фекально-оральним, а також повітряно-крапельним шляхом. Інкубаційний період становить 3-10 днів. Викликають діарею та блювання. Симптоми зазвичай легкі чи помірні та тривають 3-10 днів. Джерелом збудника є хворі з вираженими або стертими формами хвороби, рідше – здорові вірусоносії.

8. Астровірус (Astrovirus) – РНК-вірус. Викликають легші форми захворювання переважно у дітей і літніх людей. Інкубаційний період захворювання становить приблизно 3-4 дні. Астровірусна інфекція зазвичай не має серйозних наслідків і лише в окремих випадках призводить до зневоднення. У більшості випадків інфіковані люди не потребують госпіталізації, оскільки симптоми проходять самі по собі через 2-4 дні. До 90% дітей у віці до 9 років мають антитіла до астровірусу, що свідчить про поширеність інфекції переважно у безсимптомному вигляді. На основі цього можна припустити, що антитіла забезпечують захист протягом усього дорослого життя, поки їхній рівень не починає знижуватися в похилому віці. Можуть інфікувати тварин – ссавців, птахів (качок, курей та індичат).

З профілактичною метою важливе ретельне миття рук, особливо після відвідування туалету та перед їжею; вживання безпечної води та їжі; уникання контактів із тваринами.

ІНТЕРПРЕТАЦІЯ РЕЗУЛЬТАТІВ

Результати лабораторних досліджень не являються діагнозом. Інформацію з цього розділу не можна використовувати для самодіагностики і самолікування. Діагноз встановлює лікар, використовуючи як результати цього аналізу, так й інформацію з інших джерел (клінічна картина, історія хвороби, інші додаткові обстеження).

Одиниці виміру: виявлено/не виявлено.

Показники, що визначаються (диференційоване визначення ДНК кишкових протозоїв):

ПОЗИТИВНИЙ РЕЗУЛЬТАТ

За наявності клінічних проявів і відповідних даних анамнезу виявлення ДНК/РНК збудника (Shigella, ЕIEC, Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Astrovirus, Norovirus G2) у фекаліях може свідчити на користь його етіологічної ролі у розвитку захворювання.

НЕГАТИВНИЙ РЕЗУЛЬТАТ

За наявності клінічних проявів і відсутності ДНК/РНК збудника (Shigella, ЕIEC, Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Astrovirus, Norovirus G2) у фекаліях, роль даних мікроорганізмів у виникненні захворювання можна з великою ймовірністю виключити. Необхідно враховувати можливість отримання негативного результату, якщо зразок був відібраний у фазі одужання, коли концентрація збудника у фекаліях низька.

ІНТЕРФЕРУЮЧІ ФАКТОРИ

На достовірність результатів аналізу значний вплив мають умови підготовки до дослідження; фаза захворювання, в яку призначається тест; правильність відбору зразків. Найбільш надійні результати можна отримати в гостру фазу захворювання, коли концентрація збудника в калі найбільша.